علی خامنهای در روز ۲۴ تیر ماه سال ۱۳۱۸ (برابر با ۲۸ صفر ۱۳۵۸ و ۱۶ ژوئیه ۱۹۳۹) در شهر مشهد در ایران به دنیا آمد. پدرش سید جواد حسینی خامنهای از مجتهدان مشهد به شمار میرفت و جدش سید حسین خامنهای از روحانیون آذربایجانی مقیم نجف بود.
علی خامنهای در دوران کودکی
او از دوران کودکى در خانواده اى فقير پرورش يافت و از چهار سالگى به همراه برادر بزرگش سيد محمد به مکتبخانه و پس از مدتی به یک مدرسه ابتدائی اسلامی به نام دارالتعلیم دیانتی رفت و تحصیلش را تا اخذ مدرک دیپلم ادامه داد. وی از دوره دبیرستان، خواندن جامع المقدمات و صرف و نحو را آغاز کرده بود. سپس از مدرسه جدید وارد حوزه علمیه شد و نزد پدر و دیگر استادان وقت ادبیات و مقدمات را خواند.
وی کتب ادبی از قبیل جامع المقدمات، سیوطی، مغنی را نزد مدرّسان مدرسه سلیمان خان و نوّاب خواند و پدرش نیز بر درس فرزندانش نظارت میکرد. کتاب معالم را نیز در همان دوره خواند. سپس شرایع الاسلام و شرح لمعه را در محضر پدرش و مقداری را نزد آقا میرزا مدرس یزدی و رسائل و مکاسب را در حضور شیخ هاشم قزوینی و بقیه دروس سطح فقه و اصول را نزد پدرش خواند و دوره مقدمات و سطح را در پنچ سال و نیم به اتمام رساند. وی در زمینه منطق و فلسفه، کتاب منظومه سبزواری را ابتدا از جواد آقا تهرانی و بعدها نزد شیخ رضا ایسی خواند.
سفر به نجف و تحصیل در قم
در سال ۱۳۳۶ به قصد زیارت عازم نجف شد. در مدت اقامت کوتاه خود از دروس سید محسن حکیم، ابولقاسم خوئی و محمد شاهرودی بهره برد و با مشاهدهٔ وضعیت تحقیق و تدریس در نجف تصمیم به تحصیل در آن شهر گرفت. اما به دلیل مخالفت پدر پس از هفت ماه به ایران بازگشت.
پس از آن از سال ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شد و در درس محمدعلی بروجردی، مرتضی حائری یزدی و محمدحسین طباطبایی حاضر شد و در درس فقه و اصول سید روحالله خمینی شرکت جست. در سال ۱۳۴۳ یک چشم پدر وی بر اثر بیماری آب مروارید نابینا شد پس از آن علیرغم علاقهاش به تحصیل در قم، برای مراقبت از پدر به مشهد بازگشت.
مبارزات سیاسی پیش از انقلاب
سیدعلی خامنهای خود را «از شاگردان فقهی، اصولی، سیاسی و انقلابی سید روحالله خمینی» میداند اما به گفتهٔ خودش نخستین جرقّههای سیاسی و مبارزاتی و دشمنی با نظام پهلوی را «سید مجتبی نوّاب صفوی» در ذهن او به وجود آوردهاست
همان وقت جرقههای انگیزش انقلاب اسلامی به وسیله نوّاب صفوی در من به وجود آمد و هیچ شکی ندارم که اولین آتش را مرحوم نوّاب در دل ما روشن کرد.
در سال ۱۳۳۱ هنگامیکه نوّاب صفوی با عدّهای از فدائیان اسلام به مشهد رفته بود و در مدرسه سلیمان خان، سخنرانی پر هیجانی را در موضوع احیای اسلام و حاکمیت احکام الهی، و مخالفت با شاه و انگلیس و ادعای دروغگو بودن آنان نسبت به ملـّت ایران، ایراد کرد. سید علی خامنهای یکی از طـّلاب جوان همان مدرسه بودهاست
همراهی با سید روحالله خمینی
سید علی خامنهای در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ (۹ محرم) دستگیر و یک شب بازداشت شد و فردای آن روز به شرط اینکه منبر نرود و تحت نظر باشد آزاد شد. با پیش آمدن حادثه خونین ۱۵ خرداد، باز هم او را از بیرجند به مشهد آورده، تحویل بازداشتگاه نظامی دادند و ده روز در آنجا زندانی شد.
خامنهای در زندان شاه
در بهمن ۱۳۴۲ (رمضان ۱۳۸۳) خامنهای با عدهای از دوستانش به مقصد کرمان حرکت کرد. پس از دو سه روز توقف در کرمان و سخنرانی و منبر و دیدار با علما و طلاب آن شهر، عازم زاهدان شد. به دلیل سخنرانیهای به ویژه درایام ششم بهمن، سالگرد انتخابات و رفراندوم شاه، در روز ۱۵ رمضان که مصادف با تولد حسن بن علی بود، ساواک شبانه او را دستگیر و با هواپیما روانه تهران کرد. وی حدود دو ماه به صورت انفرادی در زندان قزل قلعه زندانی شد.
سومین و چهارمین بازداشت
به دلیل کلاسهای تفسیر و حدیث و اندیشه اسلامی ایشان در مشهد و تهران مورد تعقیب ساواک قرار گرفت. بدین خاطر در سال ۱۳۴۵ در تهران مخفیانه زندگی میکرد، و یک سال بعد در ۱۳۴۶ دستگیر و محبوس شد. وی بار دیگر توسط ساواک در سال ۱۳۴۹ نیز دستگیر و زندانی گشت.
پنجمین بازداشت
وی درباره پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک مینویسد:
از سال ۴۸ زمینه حرکت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیت و شدت عمل دستگاههای جاری رژیم پیشین نیز نسبت به من، که به قرائن دریافته بودند چنین جریانی نمیتواند با افرادی از قبیل من در ارتباط نباشد، افزایش یافت. سال ۵۰ مجدداً و برای پنجمین بار به زندان افتادم. برخوردهای خشونت آمیز ساواک در زندان آشکارا نشان میداد که دستگاه از پیوستن جریانهای مبارزه مسلحانه به کانونهای تفکر اسلامی به شدت بیمناک است و نمیتواند بپذیرد که فعالیتهای فکری و تبلیغاتی من در مشهد و تهران از آن جریانها بیگانه و به کنار است. پس از آزادی، دایره درسهای عمومی تفسیر و کلاسهای مخفی ایدئولوژی و... گسترش بیشتری پیدا کرد.
بازداشت ششم
در بین سالهای ۱۳۵۰-۱۳۵۳ درسهای تفسیر و ایدئولوژی علی خامنهای در سه مسجد «کرامت»، «امام حسن (ع)» و «میرزا جعفر» در مشهد تشکیل میشد. این فعالیتها موجب شد که در دی ماه ۱۳۵۳ ساواک به خانهاش در مشهد هجوم برده، او را دستگیر و بسیاری از یادداشتها و نوشتههایش را ضبط کند. این ششمین و سختترین بازداشت بود و تا پاییز ۱۳۵۴ در زندان کمیته مشترک شهربانی زندان بود. در این مدت او در سلول انفرادی نگه داشته شد.
سختیهایی که در این بازداشت تحمل کرد، به تعبیر خودش «فقط برای آنان که آن شرایط را دیدهاند، قابل فهم است». پس از آزادی از زندان، به مشهد برگشت و باز هم همان برنامه ادامه داشت. البته دیگر امکان تشکیل کلاسهای سابق را به او ندادند.
در تبعید
در اواخر سال ۱۳۵۶، نیروهای امنیتی دولت پهلوی وی را دستگیر و برای مدت سه سال به ایرانشهر تبعید کرد. در اواسط سال ۱۳۵۷ با اوجگیری مبارزات انقلاب ایران، از تبعیدگاه آزاد شده به مشهد بازگشت.
در آستانه پیروزی
درآستانهٔ پیروزی انقلاب اسلامی، پیش از بازگشت سید روحالله خمینی از پاریس به تهران، و از سوی وی به عضویت در «شورای انقلاب» با شرکت افرادی همچون مطهری، بهشتی، هاشمی رفسنجانی منصوب شد. پیام خمینی توسط مطهری به وی ابلاغ گردید و با دریافت پیام سید روحالله خمینی، از مشهد به تهران آمد.
پس از انقلاب تا رهبری
پس از ترور توسط مجاهدین خلق
فهرست زیر خلاصهای از فعالیتهای علی خامنهای پس از پیروزی انقلاب تا درگذشت روحالله خمینی است.
• عضویت در حزب جمهوری اسلامی دراسفند ۱۳۵۷
• معاونت وزارت دفاع در سال ۱۳۵۸
• سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، ۱۳۵۸
• امام جمعه تهران، ۱۳۵۸
• نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی، ۱۳۵۸
• نماینده سید روحالله خمینی در شورای عالی دفاع، ۱۳۵۹
• حضور در جبهههای جنگ با عراق، در سال ۱۳۵۹
• ترور نافرجام در ششم تیرماه ۱۳۶۰ در مسجد ابوذر تهران
• ریاست جمهوری دورهٔ اول؛ به دنبال ترور محمد علی رجایی دومّین رئیس جمهور ایران، وی در مهر ماه ۱۳۶۰ به مقام ریاست جمهوری اسلامی ایران انتخاب شد.
• ریاست شورای عالی انقلاب فرهنگی، ۱۳۶۰
• ریاست جمهوری دورهٔ دوم؛ از سال ۱۳۶۴ تا ۱۳۶۸ مجدداً به عنوان رئیس جمهور انتخاب شد.
رهبری جمهوری اسلامی
پس از درگذشت آیت الله سید روحالله موسوی خمینی، مجلس خبرگان رهبری در تاریخ ۱۴ خرداد ۱۳۶۸، سید علی خامنهای را که در آن زمان ریاست جمهوری ایران را بعهده داشت، به سمت «رهبر جمهوری اسلامی ایران» منصوب کرد.
بر طبق اصل ۱۰۹ قانون اساسی وقت، یکی از شرایط رهبری مرجعیت بود لیکن علی خامنهای در آن زمان مرجع نبود. برخی مدعی هستند که پیش از مرگ آیتالله خمینی از وی در مورد شرط مرجعیت برای رهبری استفتاء شدهاست و وی داشتن شرط اجتهاد را کافی دانسته و مرجعیت را غیر ضروری خواندهاست.
آنچه مسلم است سید علی خامنه ای با تصویب مجلس خبرگان رهبری به رهبری جمهوری اسلامی ایران انتخاب گردید. پیش از این انتصاب از وی با عنوان حجت السلام و المسلمین، و پس از انتصاب به مقام رهبری از او با عنوان «آیتالله خامنهای» نام برده شد. بتدریج در رسانهها و دیگر ارگانهای دولتی عناوینی همچون «مقام معظم رهبری»، «رهبر معظم انقلاب»، «ولی امر مسلمین جهان» و «مقام عظمای ولایت» برای رهبر ایران مورد استفاده قرار گرفت.
پس از انتخاب سید علی خامنهای به رهبری جمهوری اسلامی ایران، «بازنگری در قانون اساسی جمهوری اسلامی» که به خواست آیت الله خمینی ( یک ماه قبل از مرگش ) به شورای بازنگری قانون اساسی سپرده شده بود، در جریان یک همهپرسی در ۸ مرداد ۱۳۶۸ به اکثریت آراء به تصویب رسید. از جمله تغییرات در آن، حذف شرط مرجعیت برای رهبری و تغییر آن به فقیه واجد شرایط بود.
خانوادهٔ سید علی خامنهای
سید علی خامنهای متأهل و دارای ۶ فرزند است. همسر وی «خجسته» نام دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و نام پسرانش مجتبی، مصطفی، مسعود و میثم است. دو تن از پسران او برای ۸ سال در جبهههای جنگ ایران و عراق حضور داشتند.
یکی از دختران وی همسر فرزند محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری و سردبیر نشریه فرانسهزبان روو دو تهران است. پسرش مجتبی خامنهای با دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرده است. مصطفی دیگر فرزند وی با دختر آیتالله خوشوقت ازدواج کرده است. مسعود نیز با فرزند آیتالله خرازی و خواهر صادق خرازی ازدواج کرده است.
برادر وی سید هادی خامنهای نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است که در سال ۱۳۷۲ روزنامه جهان اسلام، و سال ۱۳۷۹ روزنامه حیات نو را منتشر کرد.
خواهر وی «بدری حسینی خامنهای» همسر شیخ علی تهرانی است. علی تهرانی روحانی فعال در دوران انقلاب اسلامی و عضو مجلس خبرگان رهبری از شهر مشهد بود که پس از انقلاب در فروردین ۱۳۶۳ به عراق که در آن زمان با ایران در حال جنگ بود، گریخت و در آنجا پناهنده سیاسی شد. پس از آن در اردیبهشت ۱۳۶۴ همسرش (بدری حسینی خامنهای) نیز به همراه ۳ دختر و ۲ پسرش بطور غیرقانونی از میانه جبههها به عراق نزد وی رفتند.